Funcţiille de bază ale tractului gastrointestinal au fost percepute în mod tradiţional ca fiind limitate la digestia şi absorbţia nutrienţilor şi electroliţilor şi homeostazia apei. În orice caz, o analiză mai atentă a aranjamentului anatomic şi funcţional al tractului gastrointestinal, sugerează că o altă funcţie extrem de importantă a acestui organ, este capacitatea sa de a regla traficul macromoleculelor dintre mediu şi gazdă printr-un mecanism tip barieră. Împreună cu ţesutul limfoid intestinal asociat intestinului şi reţeaua neuroendocrină, bariera epitelială intestinală, cu joncţiunile intercelulare strânse, controlează echilibrul dintre toleranţă şi imunitatea faţă de nonself antigeni.