Disbioza în INCG provoacă inflamaţie intestinală, diaree, constipaţie, hipersensibilitate viscerală, durere abdominală, stare metabolică disfuncţională şi comunicare periferică imună şi neuroimună. Astfel, disfuncţia intestinului imun mediat, şi cea extraintestinală cauzată de intoleranţa la gluten cu diaree comorbidă, ar putea dura decenii.